La faune y est riche : s'y trouvent les mammifères les plus rares en Europe : le loup, l’ours brun, la loutre et le chamois (des Balkans). On y croise aussi des tortues d'eau douce
Le lac alimente celui d'Ohrid, 10 km plus loin, mais seulement 150m plus bas. Les eaux qui passent en souterrain ressortent au sud du lac d'Ohrid, au niveau du monastère de Saint Naom.
On compte 22 espèces de reptiles de Prespa, dont des tortues d’eau douce. 45 espèces de mammifères dont des chats sauvages, le lynx boréal ainsi que les 4 les plus rares en Europe : le loup, l’ours brun, la loutre et le chamois (des Balkans).
Certaines des 140 espèces d'oiseaux qui y nichent sont en voie d’extinction : pélican dalmatien, grand pélican blanc, cormoran pygmée (la plus petite et la plus rare des 3 espèces de cormorans d'Europe), la grande aigrette blanche, l'ibis falcinelle et les oies cendrées.